Dankeschön Euch. 
Ich habe jetzt eine tolle und einfache Lösung, falls die Dichtung bei Euch auch nicht fest abdichtet:
Fensterschachtdichtung über die gewünschte Endform hinaus verformen
1. Aus rundem Kunststoffstab oder Holzdübel einen Spatel herstellen. Gut verschleifen, damit er den Gummi/Fensterschachtdichtung nicht beschädigen kann.
2. Mit Hilfe dieses Spatels die Fensterschachtdichtung nach Innen klappen - die Scheibe dabei nach und nach ein kleines bisschen nach unten kurbeln. Aber möglichst nicht zu weit nach unten kurbeln, da die Seitenscheibe im oberen Bereich am besten die Dichtung nach außen drückt. 
Dadurch zieht/klappt es die Fensterschachtdichtung nach unten und nach innen.
3. Jetzt mit einem Haarföhn die Fensterschachtdichtung erhitzen. Es darf und soll ruhig etwas nach erwärmten Gummi riechen 
 4. Erkalten lassen, am besten über Nacht (in einer Garage, der etwas geöffneten Fenster wegen).
5. Am nächsten Tag einfach Scheiben wieder nach oben kurbeln und anschließend Scheiben reinigen - fertig!
Bei mir liegt die Dichtung nun fest an 
 Tropfen die bei Regen am Rand noch in die Tür laufen können, laufen unten freilich ab - die Tür ist innen gewachst.